繼工業污染治理之后，農業污染治理逐步成為中國環境治理中的重要議題。特別是近年來，我國農業污染越來越嚴峻，總體上不容樂觀，污染種類多、分布廣，防治難度大,各種類型污染在不同地區差異較大。因此，必須堅持把農業資源保護和農業生產發展統籌起來，同時要把外源污染和內源污染的防控結合起來。還要形成一種合力，就是協同社會各界，整合各種資源，來進行防控。總體來講，是要形成一個涉及到農業面源污染源頭、過程、末端這樣一個全鏈條、全過程、全要素的整體系統的解決方案。具體來講，還是要根據各種污染類型，采取有針對性的措施： 
1、加強農業標準化生產。加強和規范農業生產，逐步形成標準化，大力推廣測土配方施肥技術，增施有機肥，合理使用化肥；大力推廣綠色植保、控害減藥技術，推廣使用高效、安全、低毒農藥及生物農藥。
2、加強農業污染行政執法。環保及農業行政主管部門要依據有關法律法規，加強農業行政執法力度。對造成農業污染嚴重的企業要限期整改，使其達到環保要求，不按要求整改的要堅決依法關閉。對那些生產、銷售、使用高毒、高殘留等違禁農藥的要依法打擊。加強農
產品安全檢測，建立市場準入機制，對有毒物質殘留超標的農產品，一律不得進入市場銷售。加強檢疫，嚴格控制有害生物和有毒農產品的傳播。
3、加強宣傳教育，提高全社會對農業污染治理的認識。據東莞環保公司相關人士了解到目前，地方政府和有關部門對農村環境保護意識比較淡薄，存在重城市、輕農村，重工業、輕農業的現象。同時廣大農民不合理使用農業投入品的現象還比較普遍，從而加劇了農業環境污染和資源破壞。要充分運用
各類媒體以及會議、咨詢、送科技下鄉等方式，廣泛宣傳農業污染的危害性，提高農民的環保意識。開展農業環保的在職教育和崗位培訓，增強縣鄉（鎮）領導的環保意識，并將農業環保納入干部考核指標體系。
4、控制畜禽養殖，推廣生態養殖。大力發展生態農業、有機農業，建立綠色食品基地和有機食品基地。鼓勵農民進行“一建三改”（建沼氣池，改廚、改灶、改廁），變“三廢”（畜禽糞便、農作物秸稈、生活垃圾和廢水）為“三料”（肥料、飼料、燃料），大力推廣
“畜—沼—田”模式，使畜禽糞便等廢物得到綜合利用，實現畜禽糞便的無害化和資源化。此外，落實以獎促治、以獎代補政策，推進農村環境的綜合整治。