近年來，我國農村污染越來越嚴重，小河流污染日趨加重，水生物數量急劇下降，生態服務功能逐漸退化。東莞環保介紹農村小河污染一般來自生活污水、垃圾、工業污染、畜禽養殖污染、農業生產面源污染等，整治農村小河污染，實現農村可持續發展，必須對癥下藥，從下列幾方面做起。
1、加強宣傳，充分提高群眾和有關部門對農村小河流環境治理的認識。農村小河流暴露出諸多問題，但最重要的還是對農村小河流的重要性認識不足。政府必須引起高度重視，正視農村小河流存在的問題，并迅速采取必要的整治措施。要通過電視、廣播、報紙、網絡等各種媒體進行廣泛宣傳，讓大家都關注河流，并參與河流保護與防治。
2、調整農業產業結構，減少農業面源污染。要突出抓好小河流流域內農業結構調整，轉變農業生產方式。壓縮傳統種植業，在丘陵、旱地重點發展以干式施肥為主的林果種植，做好測土配方施肥，大力推廣平衡施肥、精量施肥技術。鼓勵施用有機肥，減少化肥農藥施用量，從源頭上減少污染量。要充分發揮河岸帶植被的減污作用。
3、積極引導，著力解決好點源污染。各級政府要積極引導農村污染防治工作，著力解決好農村生活垃圾、污水和畜禽養殖污染問題。在農村生活垃圾處置方面，要形成戶分類、村集中、鄉鎮轉運、縣處理的規范化處置和管理模式，提高垃圾無害化處理水平。在畜禽養殖集中的村莊，要建設畜禽養殖廢棄物綜合利用和廢水達標排放環境基礎設施，對牲畜糞便可采用自然堆積發酵工藝生產糞肥，或者采用高溫好氧堆肥工藝生產有機肥的方式進行無害化處理，提高畜禽糞便的綜合利用率。應用循環經濟理念，促進集約化畜禽養殖和生態農業種養平衡區域一體化發展。
4、做好工業企業的污染防治工作。加強對農村工業企業和小作坊廢水排放的監管，督促其完善相關環保設施建設，做到廢水達標排放。有條件的地方要逐步建立工業園區，促進鄉鎮工業企業進園，加強工業園區內的污水集中處置，強化對工業園區污水處理的監管。