由于制藥行業原料及工藝的多樣性，排放的廢水水質千差萬別，具體選擇那種治理技術路線取決于廢水的性質。制藥廢水濃度高、色度深、可生化性較差的特點,應考慮結合預處理、后處理、物化生物法，同時考慮回收利用的經濟效益。當然,制藥廢水的根本治理還要清潔生產的基礎,以達到經濟效益和環境效益。
       制藥廢水的處理方法可歸納為以下幾種：物化處理、化學處理、生化處理以及多種方法的組合處理等，各種處理方法具有各自的優勢及不足。制藥廢水的水質特點使得多數制藥廢水單獨采用生化法處理根本無法達標，所以在生化處理前必須進行必要的預處理。一般應設調節池，調節水質水量和pH，且根據實際情況采用某種物化或化學法作為預處理工序，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。
       預處理后的廢水，可根據其水質特征選取某種厭氧和好氧工藝進行處理，若出水要求較高，好氧處理工藝后還需繼續進行后處理。具體工藝的選擇應綜合考慮廢水的性質、工藝的處理效果、基建投資及運行維護等因素，做到技術可行，經濟合理。總的工藝路線為預處理－厭氧－好氧－（后處理）組合工藝。如陳明輝等采用水解吸附—接觸氧化—過濾組合工藝處理含人工胰島素等的綜合制藥廢水，處理后出水水質優于GB8978－1996的一級標準。氣浮－水解－接觸氧化工藝處理化學制藥廢水、復合微氧水解－復合好氧－砂濾工藝處理抗生素廢水、氣浮－UBF－CASS工藝處理高濃度中藥提取廢水等都取得了較好的處理效果。
       目前，開發經濟、有效的復合水處理單元是亟待解決的問題。同時，應加強清潔生產研究，并在處理前期考慮廢水是否有回收利用的價值和適當的途徑，以達到經濟效益和環境效益。
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