針對環境污染、生態破壞、環境監測數據公信力不足等突出問題，為能夠有效保護生態環境，生態環境監測系統應運而生。生態環境監測是生態環境保護的基石，沒有科學準確的監測數據作支撐，生態環保工作就成了無源之水，無本之木。保障監測數據真實可靠，是生態環境監測工作的重中之重。因此，積極構建政府主導、部門協同、社會參與、公眾監督的監測新面目，為生態環境監測帶來新格局。
    對環境污染物的監測不僅要測定其成分和含量，同時還要監測形態、結構和分布規律，監測物理、生物污染因素，以便實現全面、準確監測，科學地分析環境污染對各方面造成的影響，從而進一步做出準確的環境質量評價。
一、政府主導。對于各地監測的實際工作來說，政府主導主要體現在監測方案的制定、監測點位的合理布設等問題上。
1、 監測方案的制定。評價縣域生態環境質量的監測方案應該由市或州人民政府主導制定，市級方案、省級方案依此上收審批權限。同時，為了提高監測方案的合理性、科學性，由政府主導的縣或市域監測方案在制定上要堅持早啟動、多協商，全面論證、適時發布的原則。要加大技術論證隊伍，要幾上幾下，給下級人民政府表達不同意見的機會。只有通過上下結合，監測方案才能更加全面、符合實際情況。而監測方案一旦確定，就要嚴格遵循，以保障其權威性和公信力。
2、監測點位的布設。監測點位的布設是一項復雜、細致的工作，要采納各方意見，統籌各方資源，要明確科學的監測點位，才能從客觀上掌握區域的環境質量狀況。監測水系如同檢查腎臟，監測大氣如同檢查肺部等。實際上，對縣域、市域乃至省域，需要監測環境質量的水、氣、土壤等自然資源的分布是相對穩定的。監測布點確定后，各部門的能力建設都要向這些點位傾斜，使之成為使用方便的公共工作平臺，每個部門都能利用這些平臺獲取本部門所需要的環境質量信息。
二、部門協同。各級人民政府要發揮監測方案制定總指揮作用，將分散在各個部門的監測資源整合起來，明確各部門的分工，多方協同，才能達到最好的監測效果。
部門協同包括：第一，理念的協同。協同既是思想認識的統一，更是行動上的互補和一致性。要將協同理念貫穿于監測網絡建設的自始至終，尤其在監測結果共享方面，第二，利益的協同。境保護本身就是為了社會公益，每個從事環境監測的部門，都是在為環境保護做貢獻，都是為了確保人們能夠呼吸到清新的空氣，喝上干凈的水，吃上放心的食物。在共同的宗旨和目標之下，對于工作的方式方法的不同，應該互相理解、互相支持。從這個意義上講，部門間必須密切聯合，共同改善我們的生存環境，形成環保統一戰線，充滿凝聚力和生命力。第三，后方的協同。生態環境監測的部門協同是全方位的，既有業務部門間的技術協同，也涉及人事協同和財務協同。